Ochrona lasu dotyczy czynników biotycznych – gradacji owadów, chorób grzybowych, szkód czynionych przez roślinożerców – oraz czynników abiotycznych dotyczących klimatu, klęsk żywiołowych, zanieczyszczeń wód, gleby, powietrza, zdarzeń meteorologicznych. Ma na celu identyfikację tych zagrożeń, przeciwdziałanie i profilaktykę.

Niedaleko kompleksów Nadleśnictwa znajdują się dwa ośrodki przemysłowe – Krajowe Składowisko Odpadów Promieniotwórczych w Różanie oraz Grill-Impex, wypalający węgiel drzewny -  które stanowią potencjalne źródła zanieczyszczeń dla drzewostanów. Nie jest to jednak duże obciążenie, dzięki czemu ogólny stan sanitarny lasu jest dobry. Ilość usuwanego posuszu wzrosła w latach 2016-2022 ze względu na występujące susze, obecność kornika ostrozębnego i drukarza – razem z obecnością szkodników drzewostany były dotknięte huraganowym wiatrem przez co 47% pozyskania posuszu stanowiły złomy i wywroty. w 2022 roku stanowiły już 95% posuszu.

Wody są narażone na różne zanieczyszczenia. Umiarkowany i zły stan wód płynących – rzek Narew, Orzyc, Pełta i Prut i innych – wynika z zanieczyszczenia nawozami rolniczymi, ściekami komunalnymi i przemysłowymi oraz z zabiegów np. prostowania koryt. Ponadto niskie opady w rejonie nadleśnictwa nie sprzyjają stałemu nawadnianiu gleby.

Cały teren nadleśnictwa leży na obszarze IV klasy zagrożenia suszą rolniczą – czyli wilgotnością niewystarczającą dla zaspokojenia potrzeb roślin – i II klasy zagrożenia suszą hydrologiczną, czyli długotrwałym obniżeniem wód gruntowych.
 

Największe szkodniki lasów nadleśnictwa to barczatka sosnówka, strzygonia choinówka, boreczniki i brudnica mniszka. W latach 1994-1995 zastosowano zwalczanie lotnicze brudnicy mniszki na powierzchni 7200ha (łącznie z lasami niepaństwowymi) i borecznika sosnowego na obszarze 200 ha. Zapobieganie gradacjom i ich efektom umożliwia kontrola stanu liczebności owadów – pozwala w odpowiednim czasie i odpowiednią metodą zareagować. Niejednokrotnie gradacje są spowodowane czynnikami atmosferycznymi, meteorologicznymi lub występowaniem szkodników pierwotnych – problem jest więc złożony.

Powierzchnia stwierdzonych ognisk gradacyjnych owadów zajmuje 3850 ha, z czego przeważają stanowiska brudnicy mniszki, głównie w obrębach Lemany i Różan. Strzygonia choinówka i boreczniki sosnowe czyniły szkody łącznie na ok. 2000 ha. W 2021 roku przeprowadzono zabiegi ochronne przeciw dorosłym chrabąszczom majowym na prawie 900 ha. W 2018 roku szkody czynił smolik znaczony, wystąpił kompleksowo z osutką sosny na obszarze niemal 300 ha.

Szkody czynią również rośliny pasożytnicze. W 2019 roku stwierdzono obecność jemioły, głównie w obrębie Lemany. Jej wielkoobszarowemu pojawowi przeciwdziała utrzymywanie silnego zwarcia drzewostanów i promowanie wzrostu drugiego piętra lasu. Z kolei jeleniowate uszkodziły ponad 2000 ha drzewostanów, a z powodu zaburzenia stosunków wodnych – w wyniku obecności bobrów – zniszczeniu uległo blisko 200 ha lasu. Mimo złożonych przyczyn występowania gradacji owadów szkód od zwierzyny, do zachowania zdrowotności lokalnych lasów wystarczą standardowe zabiegi, grodzenia i indywidualne traktowanie repelentami.