Strata gatunków chronionych na tych obszarach, wiąże się więc ze staraniem o ich reintrodukcję. Według przyjętej w 2011r. Koncepcji Przestrzennego Zagospodarowania Kraju 2030, Polska zobowiązała się do osiągnięcia ponad 30% lesistości i ponad 20% obszarów Natura 2000.

Sieć Natura 2000 tworzą obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji ptaków – i specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Obszary Natura 2000 stanowią 28 175 ha Nadleśnictwa Pułtusk

Na terenie naszego nadleśnictwa wyznaczono pięć obszarów Natura 2000:

Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków "Dolina Dolnej Narwi" wyznaczony w 2007 roku, obejmuje 140 km doliny Narwi od Łomży do Pułtuska
Swym zasięgiem obejmuje teren leśnictw: Zambski, Dąbrowa, Jurgi, Kaszewiec, Magnuszew. Na jej terenie szczególną forma ochrony jest wypas zapobiegający sukcesji. Powierzchnia obszaru wynosi 26 528 ha. Obszar stanowi ostoję ptaków zasiedlających tereny wodno-błotne, wody płynące, starorzecza oraz tereny rolnicze i leśne. Zaobserwowano 35 gatunków ptaków z załącznika I Dyrektywy ptasiej i 19 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. Można spotkać tu derkacza, nurogęś, gągoła, cyraneczkę, dudka, dziwonię, gąsiorka oraz żurawia i kszyka zasiedlające podmokłe lasy i bagna.

Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków "Puszcza Biała"
Swym zasięgiem obejmuje teren  leśnictw: Zambski, Popławy, Grabowiec, Zatory, Dąbrowa, Pniewo, Wielgolas. Powierzchnia gruntów nadleśnictwa wynosi 9620,33 ha. Obszar stanowi ostoję ptaków o randze europejskiej – kraski, dzierzby rudogłowej – i ważnych w skali kraju - lelka i dzięcioła czarnego. Na terenie Puszczy Białej zinwentaryzowano 26 gatunków ptaków lęgowych lub migrujących. W ramach zadań ochronnych przeprowadza się rębnie zupełne, które służą ochronie siedlisk lerki i lelka.

Do terenu Nadleśnictwa przylega Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków „Dolina Dolnego Bugu” obejmujący dolinę Bugu na odcinku 260 km. Jest siedliskiem lęgowym dla 23 gatunków ptaków w tym rybitwy czarnej. Pokrywa się częściowo z Obszarem Ochrony Siedlisk „Ostoja Nadbużańska”, który stanowi jedną z ważniejszych ostoi ichtiofauny w Polsce. Najnowszym SOO na obszarze Nadleśnictwa są „Murawy nad Dolną Narwią”, powstałe na początku 2025 r.

W zachowaniu połączenia między obszarami Natura 2000 i przepływu informacji genetycznych, wykorzystywane są korytarze ekologiczne. Na terenie Nadleśnictwa znajduje się Korytarz Północno-Centralny – od Puszczy Białowieskiej przez Wisłę aż po Odrę. Dzieli się on na trzy cząstkowe korytarze: „Dolina środkowej Narwi” sięgający Zegrza, „Dolina dolnego Bugu” - od Siemiatycz po ujście Narwi „Lasy Przasnyskie” obejmujący teren do północnej granicy województwa mazowieckiego.